随着工农业生产的发展，以及保护资源和人类环境的需要，浮游生物研究的应用目的性也越来越强。概括起来，它的实际意义有以下几个方面。
一、渔业方面
（一）浮游生物资源的直接利用
某些浮游生物是可以作为水产资源直接利用的。例如，大型浮游枝角类可加工成观赏鱼类的商品饵料，丰年虫可作为许多人工养殖对象的商品饵料，海洋中的水母（海蜇）、毛虾更少人们熟知的水产品，一些海洋浮游桡足类和糠虾可制作虾酱，某些浮游藻类，如螺旋藻在非洲是当地居民的食品，单细胞藻类可作为未来的蛋白质来源。
（二）水体生产性能和潜力的评价
长期以来，浮游生物的种类、数量、生产量是评价水体的营养类型和生产潜力的重要指标。我国池塘养殖水体的“肥、瘦”主要也是根据浮游生物的种、量来判断的。
（三）放养指标的确定
在湖泊、水库和池塘的人工放养时，根据我国以放养滤食浮游生物的鲢、鳙鱼为主的特点，对于按照浮游生物的种、量来确定放养什么鱼类、放养的数量和比例等方面，进行了大量的工作，并收到了很好的效果。
通过施肥等方法，提高浮游生物数量，或者通过人工培养浮游生物，来为鱼类或其他生物提供更多的适口食料。
二、水污染防治方面
（一）水质评价
浮游生物广泛被应用于水质的评价与检测，例如各种指示生物，指数，群落结构和功能，体内残毒量等。如在河流的有机物污染方面，早已提出了各种污染的指示生物，其中许多种类是属于浮游生物种类。在富营养化评价时，浮游植物的调查占有重要的地位，“水华”或“赤潮”的观察和研究已有长远的历史。对重金属、农药和其他污染，不少浮游生物都比较敏感，可用于评价。
（二）生物测试
由于浮游生物对一些污染物的敏感性以及它们在水生态系统中的重要性，在了解污染物对水环境的影响，制订水质标准或污水排放标准时，常常选择浮游生物中的一些种类作为生物测试的材料。
（三）污水处理
污水生化处理中，根据活性污泥或滤膜上的浮游生物种类和数量来判断活性污泥或滤膜的活性和处理效果，应用相当广泛，也比较简便和正确。
浮游生物在污水处理当中也能发挥作用。如氧化塘就是利用藻——菌共生系统净化污水。浮游动物能大量吞食细菌和碎屑，也对改进水质有作用。一些浮游生物能大量浓缩积累某些污染物质，也可应用于污染治理。
三、其他方面
在给水处理、水利工程的环境影响等方面，浮游生物的调查研究起着不少作用。在古湖沼学的沉积研究等方面，也常需要浮游生物的调查资料。甚至在法医检查死因、侦破案件时，有时也要借助于浮游生物的调查。
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