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一、服务简介
土壤微生物功能基因，是驱动生态系统关键过程的遗传密码，直接编码微生物参与的物质转化与能量代谢功能。例如，硝化与反硝化相关基因（如amoA、nirS）主导氮循环，固碳基因（如cbbL）影响碳汇潜力。通过对这些基因进行精准定量，可深入解析土壤肥力、污染修复及温室气体排放的微生物机理，为环境管理与农业生产提供科学依据。
二、检测列表
| 分类 | 参与途径 | 基因名称 |
|---|---|---|
| 抗生素抗性基因 | aac(6')-Ib-cr、aacC2、floR、qnrB、qnrD、qnrA、sul2、sul1、sul3、tetA、tetA(33)、tetC、tetG、tetQ、tetW、tetX、tetA(P)、ermF、ermB、dfrA19、blatla-1、mexF... | |
| 碳循环 | 固碳途径 | cbbL、rbcL、cdh、acsA、acsB、acsE、accA... |
| 甲烷代谢 | pmoA、mcrA... | |
| 有机碳降解 | lig、mnp、chiA、exo-chi、abfA、manB、amyA、apu、pgu、sqa、cex、amyX... | |
| 其他碳代谢 | frdA、pox、naglu、xylA、gltA、aclB、glx、mct、pccA... | |
| 氮循环 | 硝化作用 | A-amoA、hao... |
| 固氮作用 | nifH... | |
| 反硝化作用 | narG、napA、nirS、nirK、nosZ、norC、norB... | |
| 厌氧氨氧化 | hzo... | |
| 氨化/同化 | nrfA、ureC、gdhA、nirB... | |
| 磷循环 | phoD、phoC、appA、pqqC... | |
| 硫循环 | dsrA、dsrB... | |
| 通用标记基因 | 16S rRNA（细菌/古菌）、ITS rRNA（真菌）、丛枝菌根真菌... | |
三、检测原理
qPCR技术通过荧光染料（如SYBR Green）实时监测扩增产物量。每经过一个循环，系统采集一次荧光信号，荧光强度与产物量成正比。Ct值是指荧光信号达到设定阈值所需的循环数，通过阈值循环数与标准曲线对比，实现对目标基因的定量分析。
四、实验流程
五、部分引物介绍
| 基因 | 引物名称 | 引物序列 |
|---|---|---|
| A-amoA | A-amoA-F | STAATGGTCTGGCTTAGACG |
| A-amoA-R | GCGGCCATCCATCTGTATGT | |
| accA | accA-F | GAAGGCTAYCGCAARGC |
| accA-R | CCTTCMGGSGARATMAC | |
| norB | norB-F | AIGTGGTCGAGAAGTGGCTCTA |
| norB-R | TCTGIACGGTGAAGATCACC | |
| dsrA | dsrA-F | ACSCACTGGAAGCACG |
| dsrA-R | GGTGGAGCCATGCATGTT | |
| phoD | phoD-F | CAGTGGGACGACCACGAGGT |
| phoD-R | GAGGCCGAGCGGCATGTCG | |
| dsrA | dsrA-F | ACSCACTGGAAGCACG |
| dsrA-R | GGTGGAGCCATGCATGTT |
六、仪器平台
QuantStudio™ 5 实时荧光定量 PCR 系统，384孔
1.节省珍贵样本，加速实验进程：依托384孔高通量设计，配合低至5微升的微量反应体系，帮助您在最短时间内获得高质量数据，显著缩短论文发表周期。
2.精准捕捉微小差异：采用OptiFlex技术和5重荧光通道，能稳定检测低至1.5倍的基因表达差异，即使是转录因子波动等微弱信号也能精准捕获。
3.数据全程可追溯：仪器配备符合21 CFR Part 11的权限管理功能，从样本上机到结果导出全程留痕。所有原始数据实时云端备份，可随时调取溯源。
七、标准曲线案例
| acsE 扩增曲线 | nifH 扩增曲线 | phoD 扩增曲线 |
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| acsE 熔解曲线 | nifH 熔解曲线 | phoD 熔解曲线 |
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八、常见问题答疑
（1）功能基因相对定量和绝对定量之间的区别？
相对定量和绝对定量是qPCR（实时荧光定量PCR）数据分析的两种主要方法，它们的核心区别在于参考标准和输出结果的不同，绝对定量回答“土壤里有多少目标基因拷贝？”，给出一个具体的数字，如每克干土有1.0×106个拷贝。相对定量回答“处理组比对照组高或低了多少倍？”，给出一个倍数变化，如处理组是对照组的 5.2 倍。
（2）功能基因相对定量与绝对定量如何选择？
当你的研究需要与文献中的绝对丰度值直接比较，或者要计算特定功能基因的种群数量时，首选绝对定量。当你的研究仅关注同一实验内不同处理间的相对变化趋势，且基因数量巨大，无法为每个基因都构建高质量标准曲线时首选相对定量。
（3）土壤功能基因绝对定量与微生物多样性检测的区别？
功能基因绝对定量回答“功能基因潜力的强度”，扩增子测序回答“谁（物种）可能在做这件事”，宏基因组测序回答“谁（物种）具体做了什么，还有什么潜在能力”。