文献信息

文献标题 A CC‑NB‑ARC‑LRR Gene Regulates Bract Morphology in Cotton
文献译名 CC-NB-ARC-LRR基因调控棉花分枝形态
期刊名称 Advanced Science
影响因子 14.1
发表时间 2024年10月04日
第一作者 严孙艺
通讯作者 胡艳
单位 浙江大学
DOI https://doi.org/10.1002/advs.202406111
检测支持 南京卡文思检测协助完成了植物激素相关 的工作,为该项目提供了充分的理论依据和理论支持。

研究背景 Part.01

1945 年发现,突变体苞片细长扭曲、不能包裹花蕾,利于农药附着、减轻虫害、降低机采棉杂质。遗传分析表明该性状由**单隐性核基因控制**,前期研究将 fg 位点初步定位在 A03 染色体,但调控该性状的致因基因尚未被克隆。CNL 类基因大多参与植物免疫,部分功能获得型点突变会造成基因自激活,引发免疫反应,改变植物形态;但 CNL 如何调控植物器官形态建成的分子机制尚不清晰。本研究旨在克隆 fg 基因,解析棉花苞片形态发育调控机制,并将该性状应用于海岛棉育种。

研究结果 Part.02

1. 两种棉花苞片的形态学特征

与正常苞片材料 TM‑1 相比,fg 突变体 T582 苞片狭长卷曲,无法包裹花蕾,苞片面积仅为 TM‑1 的 1/4;二者杂交得到的 F₁苞片呈现中间表型。形态上,TM‑1 苞片锯齿均匀、叶脉呈放射状分布;T582 苞片锯齿仅集中在苞片上端,叶脉平行排布。细胞学观察表明,突变体苞片表皮细胞纵向显著伸长、排列松散,而两类材料的叶肉细胞均未分化出典型栅栏与海绵组织,证明苞片属于变态叶,细胞纵向过度伸长、横向扩展受抑是该突变表型的细胞学基础。

TM-1和T582的苞片表型。
图1 TM-1和T582的苞片表型。

2. fg 位点遗传分析与图位克隆

F₂、BC₁分离群体表型统计和卡方检验证实,frego 苞片性状由**单隐性核基因**控制。先利用 BSA‑seq 将 fg 初定位至 A03 染色体,再开发 SNP、InDel 标记开展精细定位,最终锁定 1 Mb 候选区间。结合重测序与转录组数据比对,发现区间内*GH_A03G0230*在外显子区域存在错义突变,其余变异多位于非编码区;KASP 分型结果显示该基因位点与 frego 苞片性状共分离,确定其为关键候选基因。

fg基因座的克隆
图2 fg基因座的克隆

3. VIGS 沉默候选基因回补突变表型

在 T582 与 MD51ne 两份 fg 突变材料中对候选基因进行 VIGS 沉默,qPCR 检测确认基因表达显著下调后,突变苞片形态向正常苞片恢复,苞片整体长宽比与表皮细胞长宽比明显降低,叶脉恢复放射状排列,由此确认 GH_A03G0230 即为 fg 致因基因,命名为 Ghfg。序列比对发现 T582 的 Ghfg 共有 7 处序列变异;烟草瞬时表达试验进一步证实,突变型 Ghfg 可诱导叶片细胞坏死,该蛋白发生自激活。

VIGS后T582苞片的表型
图3 VIGS后T582苞片的表型

4. 转基因棉花验证 Ghfg 基因功能

设置两组转基因验证:在突变材料 MD51ne 背景下利用 CRISPR/Cas9 敲除 Ghfg,获得多个敲除株系,苞片形态恢复正常,直接证明 Ghfg 突变是 frego 苞片性状的成因;将突变型 Ghfg 由 35S 启动子驱动在正常材料 TM‑1 中过表达,却未观察到典型突变苞片表型,推测稳定转基因植株中目的基因表达水平不足,不足以激活下游通路。

5. 单细胞与转录组解析潜在调控通路

对 TM‑1 和 T582 的幼嫩苞片原生质体开展单细胞转录组测序,聚类得到 12 个细胞簇,归为 7 大类细胞类型,并通过标记基因与原位杂交完成细胞身份注释。组学对比显示,正常苞片增殖细胞富集生长素信号、细胞壁重塑通路,而突变苞片增殖细胞显著富集氧化应激、防御相关通路;VIGS 沉默材料转录组结果也与之一致,说明增殖细胞是表型差异的核心细胞群,苞片形态建成受生长素稳态和 ROS 平衡共同调控。

TM-1和T582苞片的联合细胞团
图4 TM-1和T582苞片的联合细胞团
结合ScRNA-seq和RNA-seq数据分析TM-1和T582苞片不同细胞中的DEGs。
图5 结合ScRNA-seq和RNA-seq数据分析TM-1和T582苞片不同细胞中的DEGs。
TM-1和T582苞片中的高表达基因
图6 TM-1和T582苞片中的高表达基因

6. frego 苞片体内活性氧水平显著升高

对不同材料苞片进行生理指标测定,结果显示 fg 突变苞片的 CAT、SOD、POD 抗氧化酶活性以及 MDA 含量均显著高于正常苞片;NBT 组织染色直观证明突变苞片内 ROS 大量累积。说明自激活的 Ghfg 能够持续触发苞片内部氧化应激,诱导抗氧化系统响应。

两种类型苞片的ROS清除活性和分布
图7 两种类型苞片的ROS清除活性和分布

7. 内源激素分布差异调控苞片形态

分发育阶段、分区段取样,借助 LC‑MS/MS 测定苞片内源激素。正常 TM‑1 苞片内生长素 IAA 沿基部到顶端均匀分布;而 fg 突变苞片的生长素大量富集在苞片远端顶端,形成极强的基‑顶浓度梯度。细胞分裂素在不同材料间无稳定差异,赤霉素的差异在苞片发育后期消失。顶端富集的生长素驱动细胞优先纵向伸长,最终形成狭长卷曲的苞片。

 两种类型苞片的激素分布
图8 两种类型苞片的激素分布

8. frego 苞片性状导入海岛棉创制新种质

海岛棉纤维品质优良,但原有苞片偏大,机采加工时苞片残屑会造成纤维杂质偏高。研究以海岛棉品种新海 41 作为轮回亲本,与 fg 突变材料 MD51ne 杂交,连续多代回交并结合 KASP 分子标记辅助筛选,在 BC₄世代自交后获得稳定纯合、携带 frego 苞片的海岛棉新材料 Gb.CB,为培育低杂质、适合机采的海岛棉品种提供优质种质资源。

 Gb.CB 的育种过程和表型
图9 Gb.CB 的育种过程和表型

研究结论 Part.03

本研究克隆得到控制棉花 frego 苞片性状的 CNL 家族基因 Ghfg,证实该基因的错义突变可导致蛋白自激活;自激活的 Ghfg 会诱发苞片增殖细胞内活性氧大量积累,扰乱生长素极性运输,造成生长素在苞片顶端异常富集、形成陡峭的浓度梯度,促使细胞过度纵向伸长,最终形成狭长卷曲的突变苞片,该结果揭示了 CNL 类免疫基因除参与免疫调控外,还能够调控植物变态叶的形态建成;同时本研究通过分子标记辅助回交,成功将 frego 苞片性状导入海岛棉,创制出新种质 Gb.CB,为培育低杂质、适配机采的海岛棉品种提供了重要材料。