一、产品简介
1、16S rDNA测序
16S rRNA序列长度约为1542bp，包括10个保守区和9个可变区（V1-V9），保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列 则能体现物种间的差异，其中V3、V4、V5区特异性好，数据库信息全，是细菌多样性分析注释的最佳选择。
2、18S rDNA测序
18S rRNA是组成真核生物的核糖体小亚基的RNA，与原核生物的16S rRNA同源。序列中既有保守区又有可变区（V1-V9）。
3、ITS测序
ITS(内转录间隔区)存在于真核生物rDNA基因上。ITS分为两个区域： ITS1、ITS2。ITS1序列位于18S rRNA和5.8S rRNA之间， ITS2位于5.8S rDNA和28S rDNA之间。
4、功能基因扩增子测序
AOA，AOB，nirK，nifH，McrA等。
二、产品区别
| 类别 | 内容 | 研究对象 |
|---|---|---|
| 16S rRNA测序 | 编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列 | 细菌或古菌的多样性分析 |
| 18S rRNA测序 | 编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列 | 反映样品中真核生物之间的种类差异 |
| ITS测序 | ITS序列是内源转录间隔区（Internally Transcribed Spacer），位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间，分别为ITS 1和ITS2 | 主要对环境微生物中的真菌多样性进行分析 |
| 功能基因扩增子测序 | AOA，AOB，nirK，nifH，McrA等 | 氨氧化细菌、硫细菌、硝化细菌等 |
三、实验流程
四、二代多样性分析流程
五、引物介绍
| 测序类型 | 引物名称 | 引物序列 | 区域 | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| 细菌16S rRNA | 341F | 5’-CCTAYGGGRBGCASCAG-3’ | 16s V3-V4 | PE250平台 |
| 341F | 5’-CCTAYGGGRBGCASCAG-3’ | |||
| 细菌16S rRNA | 515F | 5’- GTGCCAGCMGCCGCGG-3’ | 16s V4-V5 | PE250平台 |
| 907R | 5’- CCGTCAATTCMTTTRAGTTT-3’ | |||
| 细菌16S rRNA | 515F | 5’- GTGCCAGCMGCCGCGG-3’ | 16s V4 | PE250平台 |
| 806R | 5’- GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’ | |||
| 细菌16S rRNA | 799F | 5’- AACMGGATTAGATACCCKG-3’ | 16s V5-V6 | PE250平台 |
| 1115R | 5’- AGGGTTGCGCTCGTTG-3’ | |||
| 真菌ITS | ITS1F | 5’- CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3’ | ITS1 | PE250平台 |
| ITS2R | 5’- GCTGCGTTCTTCATCGATGC-3’ | |||
| 真核18S | TAReuk454FWD1 | 5’-CCAGCASCYGCGGTAATTCC-3’ | 18s V4 | PE250平台 |
| TAReukREV3 | 5’-ACTTTCGTTCTTGATYRA-3’ |
六、送样要求
| 产品类型 | 送样类型 | 浓度要求 | 送样量 | 其他要求（质量等） |
|---|---|---|---|---|
| 扩增子（16s/18s/ITS） | DNA | ≥ 5 ng/μL | ≥ 500 ng（单个区域扩增子） | 1、DNA 要有明显主带，无降解、无 RNA、蛋白质等杂质污染； 2、条带单一、无接头污染、无引物二聚体、无降解， OD260/280:1.8-2.0，OD260/230 ≥1.0； 3、滤膜直径3-4cm/孔径0.22或0.45μm； 4、拭子样品尽量充分接触实验对象，最终以实验结果为准； 5、所有的核酸样品，需要保存在1.5ml或2ml的EP管中。 |
| PCR | ≥ 10 ng/μL | ≥ 500 ng | ||
| 土壤、淤泥、沉积物 | - | ≥ 3 g | ||
| 粪便 | - | ≥ 1 g | ||
| 组织样本 | - | ≥ 1 g | ||
| 水体样为滤膜 | - | ≥ 1 张 | ||
| 拭子样品 | - | ≥ 2 个 |
备注：
1、样品重复： 大田取样至少5个以上，动物实验8-12个，临床研究20-30个
2、实验处理： 样品的一致性非常重要，否则重复性不好
3、操作一定要规范以避免样本受到污染。
七、产品报价
| 项目大类 | 项目小类 | 样品个数num\基因组大小X | 报价 | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| 多样性类 | 细／真／古菌 | （1≤N<100） | 请联系技术经理 | 注1：价格包括提取＋测序＋标准分析 注2：3-5万条/样品 注3：功能基因限时免费 注4：可提供引物合成服务,报价联系技术经理 |
| （100≤N<200） | ||||
| （200≤N<300） | ||||
| （300≤N<400） | ||||
| （400≤N<500） | ||||
| （N≥500） |
八、产品优势
1、项目经验丰富，从常规的土壤、植物样本，到螨虫、种子内生菌等。
2、人工分析，云平台在线分析
九、案例展示
Alpha指数-箱线图
PICRUSt2功能注释相对丰度堆积冲击图
RF与真实测定值的一致性结果
top10-Phylum-堆积冲击图
多样本PCA图
环境因子和alpha多样性相关性热图
基于样本的核心OTUs花瓣图
注释比例图