微生物群落多样性测序

一、产品简介

1、16S rDNA测序

16S rRNA序列长度约为1542bp，包括10个保守区和9个可变区（V1-V9），保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列 则能体现物种间的差异，其中V3、V4、V5区特异性好，数据库信息全，是细菌多样性分析注释的最佳选择。

2、18S rDNA测序

18S rRNA是组成真核生物的核糖体小亚基的RNA，与原核生物的16S rRNA同源。序列中既有保守区又有可变区（V1-V9）。

3、ITS测序

ITS(内转录间隔区)存在于真核生物rDNA基因上。ITS分为两个区域： ITS1、ITS2。ITS1序列位于18S rRNA和5.8S rRNA之间， ITS2位于5.8S rDNA和28S rDNA之间。

4、功能基因扩增子测序

AOA，AOB，nirK，nifH，McrA等。

二、产品区别

类别	内容	研究对象
16S rRNA测序	编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列	细菌或古菌的多样性分析
18S rRNA测序	编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列	反映样品中真核生物之间的种类差异
ITS测序	ITS序列是内源转录间隔区（Internally Transcribed Spacer），位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间，分别为ITS 1和ITS2	主要对环境微生物中的真菌多样性进行分析
功能基因扩增子测序	AOA，AOB，nirK，nifH，McrA等	氨氧化细菌、硫细菌、硝化细菌等

三、实验流程

四、二代多样性分析流程

五、引物介绍

测序类型	引物名称	引物序列	区域	备注
细菌16S rRNA	341F	5’-CCTAYGGGRBGCASCAG-3’	16s V3-V4	PE250平台
	341F	5’-CCTAYGGGRBGCASCAG-3’
细菌16S rRNA	515F	5’- GTGCCAGCMGCCGCGG-3’	16s V4-V5	PE250平台
	907R	5’- CCGTCAATTCMTTTRAGTTT-3’
细菌16S rRNA	515F	5’- GTGCCAGCMGCCGCGG-3’	16s V4	PE250平台
	806R	5’- GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’
细菌16S rRNA	799F	5’- AACMGGATTAGATACCCKG-3’	16s V5-V6	PE250平台
	1115R	5’- AGGGTTGCGCTCGTTG-3’
真菌ITS	ITS1F	5’- CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3’	ITS1	PE250平台
	ITS2R	5’- GCTGCGTTCTTCATCGATGC-3’
真核18S	TAReuk454FWD1	5’-CCAGCASCYGCGGTAATTCC-3’	18s V4	PE250平台
	TAReukREV3	5’-ACTTTCGTTCTTGATYRA-3’

六、送样要求

产品类型	送样类型	浓度要求	送样量	其他要求（质量等）
扩增子（16s/18s/ITS）	DNA	≥ 5 ng/μL	≥ 500 ng（单个区域扩增子）	1、DNA 要有明显主带，无降解、无 RNA、蛋白质等杂质污染； 2、条带单一、无接头污染、无引物二聚体、无降解， OD260/280:1.8-2.0，OD260/230 ≥1.0； 3、滤膜直径3-4cm/孔径0.22或0.45μm； 4、拭子样品尽量充分接触实验对象，最终以实验结果为准； 5、所有的核酸样品，需要保存在1.5ml或2ml的EP管中。
	PCR	≥ 10 ng/μL	≥ 500 ng
	土壤、淤泥、沉积物	-	≥ 3 g
	粪便	-	≥ 1 g
	组织样本	-	≥ 1 g
	水体样为滤膜	-	≥ 1 张
	拭子样品	-	≥ 2 个

备注：

1、样品重复： 大田取样至少5个以上，动物实验8-12个，临床研究20-30个

2、实验处理： 样品的一致性非常重要，否则重复性不好

3、操作一定要规范以避免样本受到污染。

七、产品报价

项目大类	项目小类	样品个数num\基因组大小X	报价	备注
多样性类	细／真／古菌	（1≤N<100）	请联系技术经理	注1：价格包括提取＋测序＋标准分析 注2：3-5万条/样品 注3：功能基因限时免费 注4：可提供引物合成服务,报价联系技术经理
		（100≤N<200）
		（200≤N<300）
		（300≤N<400）
		（400≤N<500）
		（N≥500）

八、产品优势

1、项目经验丰富，从常规的土壤、植物样本，到螨虫、种子内生菌等。

2、人工分析，云平台在线分析

九、案例展示

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